La Villa fut construite de 1508 à 1515 par Peruzzi pour un riche banquier. Elle se trouvait, à l’époque de la Renaissance, dans la campagne mais à proximité de la ville. La villa devait accueillir des hôtes mais aussi de nombreuses fêtes. Le pape Léon X de Médicis à été présent lors de l’inauguration des écuries, ainsi que des cardinaux, des ambassadeurs et d’autres personnalités. En 1520 son propriétaire décède et la Villa est rachetée par Alexandre Farnèse en 1579 qui lui donnera son nom, pour la distinguer du Palazzo Farnese, sur l’autre rive du Tibre. La Villa dispose d’un logement au RDC (à l’origine non vitrée), comprise entre deux ailes saillantes et ouverte sur un jardin. Son premier propriétaire avait fait appel à plusieurs artistes pour réaliser les fresques de la Loggia de Galatée. Raphaël a peint la scène de Galatée tandis qu’en 1511, Peruzzi a peint sur la voûte l’horoscope d’Agostino Chigi.
Sebastiano del Piombo a peint les scènes mythologiques des lunettes et la figure de Polyphème. Les autres tableaux reproduisent des paysages du XVII° siècle de l’école romaine, entre des colonnes peintes, avec des traces de graffiti datant du sac de rome en 1527. La Loggia De L’amour Et Psyché doit son nom à la décoration peinte a fresco en 1518 par Raphaël et son atelier, qui reproduit des épisodes de la légende de Psyché, tirés de « Lune d’or » d’Apulée. Ponctuée de festons de fleurs et de fruits, œuvre de Giovanni da Udine, se développe sur les pendentifs et se conclut au centre avec les noces de l’Amour et de Psyché et le Concile des Dieux. La salle de la frise, peinte par Peruzzi, doit son nom à la frise qui ceint le haut des parois. Il a représenté les travaux d’Hercule sur le côté nord et une partie du côté est, et d’autres scènes mythologiques qui se développent sur les quatre parois. Au premier étage l’une des chambres la plus importante est la chambre à coucher qui devait recevoir les époux. Suivant une «idée initiale» de Raphaël, Sodoma projeta en 1519 un cycle de fresques montrant le mariage d’Alexandre le Grand et de sa fiancée Roxane, basé sur la description de Lucian. La décoration de la Chambre des Vues Perspectives, tire son nom de la perspective des paysages urbains et ruraux entre des colonnes fictives, est l’une des créations picturales les plus matures et les plus réussies de Peñruzzi, dans les divinités représentées au-dessus des portes et des fenêtres; les scènes mythologiques qui se déroulent sous le plafond, faisant également allusion au mariage d’Agostino Chigi, sont l’œuvre d’assistants.